國(guó)務(wù)院在批復(fù)中明確提出，《規(guī)劃》實(shí)施要以科學(xué)發(fā)展觀為指導(dǎo)，認(rèn)真貫徹落實(shí)2011年中央1號(hào)文件精神，以完善流域防洪減災(zāi)、水資源綜合利用、水資源與水生態(tài)環(huán)境保護(hù)、流域綜合管理體系為目標(biāo)，堅(jiān)持全面規(guī)劃、統(tǒng)籌兼顧、標(biāo)本兼治、綜合治理，注重科學(xué)治水、依法治水，處理好興利與除害、開發(fā)與保護(hù)、上下游、左右岸、干支流等關(guān)系，充分發(fā)揮長(zhǎng)江的多種功能和綜合利用效益，為實(shí)現(xiàn)經(jīng)濟(jì)持續(xù)發(fā)展和社會(huì)和諧穩(wěn)定提供有力支撐。
通過《規(guī)劃》實(shí)施，到2020年，長(zhǎng)江流域重點(diǎn)城市和防洪保護(hù)區(qū)在遇標(biāo)準(zhǔn)以內(nèi)洪水時(shí)基本不發(fā)生災(zāi)害，在遇超標(biāo)準(zhǔn)洪水時(shí)最大限度地減少人員傷亡和財(cái)產(chǎn)損失，山洪災(zāi)害防御能力顯著提高；城鄉(xiāng)供水和農(nóng)業(yè)灌溉能力明顯增強(qiáng)，城鄉(xiāng)居民生活用水全面保障，水能資源開發(fā)利用程度穩(wěn)步提高，航運(yùn)體系不斷完善；水生態(tài)環(huán)境惡化趨勢(shì)有效遏制，飲用水水源地水質(zhì)全面達(dá)標(biāo)，水土流失得到控制；最嚴(yán)格水資源管理制度基本建立，涉水事務(wù)管理全面加強(qiáng)。到2030年，流域防洪減災(zāi)體系更加完善，防洪減災(zāi)能力進(jìn)一步提高；節(jié)水型社會(huì)基本建成，水資源和水能資源開發(fā)利用程度進(jìn)一步提高；水生態(tài)環(huán)境明顯改善，河流生態(tài)系統(tǒng)良性發(fā)展，水土流失有效治理；流域綜合管理現(xiàn)代化基本實(shí)現(xiàn)。
要完善流域防洪減災(zāi)措施。重點(diǎn)加強(qiáng)長(zhǎng)江中下游干流、洞庭湖、鄱陽湖和主要支流治理，加快向家壩、溪洛渡、亭子口等控制性樞紐工程建設(shè)，抓緊實(shí)施重要蓄滯洪區(qū)建設(shè)，加強(qiáng)重點(diǎn)城市防洪建設(shè)和重點(diǎn)澇區(qū)治理，完成病險(xiǎn)水庫(kù)和水閘除險(xiǎn)加固，建設(shè)流域防洪預(yù)警系統(tǒng)和山洪災(zāi)害易發(fā)區(qū)預(yù)警預(yù)報(bào)系統(tǒng)。加強(qiáng)以三峽水庫(kù)為核心的干支流控制性水利水電工程聯(lián)合調(diào)度，協(xié)調(diào)好防洪與水資源綜合利用、水生態(tài)環(huán)境保護(hù)的關(guān)系，提高流域抗御特大洪水災(zāi)害的能力。
要合理配置和高效利用水資源。加快開展南水北調(diào)東、中線后續(xù)工程論證及西線項(xiàng)目前期工作，逐步完善全國(guó)水資源優(yōu)化配置格局。在強(qiáng)化節(jié)水的基礎(chǔ)上，建設(shè)一批必要的水源工程，提高流域供水保障能力，解決局部地區(qū)工程性缺水問題。加強(qiáng)灌區(qū)續(xù)建配套和節(jié)水改造，在水土資源條件具備的地區(qū)適當(dāng)新建灌區(qū)。在保護(hù)生態(tài)環(huán)境和移民合法權(quán)益的前提下，合理有序開發(fā)水能資源。大力發(fā)展航運(yùn)，完善現(xiàn)代化長(zhǎng)江水運(yùn)格局。
要加強(qiáng)水資源與水生態(tài)環(huán)境保護(hù)。加大洞庭湖、鄱陽湖、丹江口庫(kù)區(qū)及上游、三峽庫(kù)區(qū)及長(zhǎng)江口地區(qū)水資源保護(hù)力度，加強(qiáng)巢湖、滇池等重點(diǎn)湖泊和沿江城市河段水污染防治。嚴(yán)格控制生態(tài)環(huán)境敏感區(qū)域的治理開發(fā)活動(dòng)。加強(qiáng)長(zhǎng)江上中游水土保持，強(qiáng)化水土流失預(yù)防監(jiān)督和生態(tài)修復(fù)。
要強(qiáng)化流域綜合管理。加強(qiáng)流域立法研究、涉水事務(wù)管理和執(zhí)法監(jiān)督。實(shí)行最嚴(yán)格水資源管理制度，建立流域用水總量、用水效率和水功能區(qū)限制納污控制指標(biāo)體系。加強(qiáng)流域水資源統(tǒng)一調(diào)度和管理。規(guī)范河道岸線和采砂管理。完善水量、水質(zhì)、水生態(tài)環(huán)境綜合監(jiān)測(cè)系統(tǒng)。
依照《中華人民共和國(guó)水法》，《規(guī)劃》是長(zhǎng)江流域開發(fā)、利用、節(jié)約、保護(hù)水資源和防治水害的重要依據(jù)。國(guó)務(wù)院要求，流域內(nèi)各?。▍^(qū)、市）人民政府和有關(guān)部門要加強(qiáng)領(lǐng)導(dǎo)，密切配合，認(rèn)真分解落實(shí)《規(guī)劃》提出的各項(xiàng)任務(wù)措施，精心組織實(shí)施，切實(shí)保障流域防洪安全、供水安全、糧食安全和生態(tài)安全。